Het bestuur van de gemeente gebeurt door het college van burgemeester en schepenen en de gemeenteraad.
Het college komt wekelijks bijeen, de gemeenteraad vergadert één keer per maand, behalve in de zomermaanden.
De bestuursmeerderheid in Nijlen bestaat uit een coalitie van CD&V en Nijlen & U.
In de oppositie zitten de volgende partijen: NVA met 8 raadsleden, Groen met twee raadsleden, Vlaams Belang met twee raadsleden en Open VLD met één raadslid.