Het bestuur van de gemeente gebeurt door het college van burgemeester en schepenen en de gemeenteraad.
Het college komt wekelijks bijeen, de gemeenteraad vergadert één keer per maand, behalve in de zomermaanden.
De bestuursmeerderheid in Nijlen bestaat uit een coalitie van CD & V en Nijlen & U.
In de oppositie zitten de volgende partijen: Groen!, NVA, Open Vld, Sp.A, Vlaams Belang en er is één onafhankelijk raadslid.